A monumental igreja de São José das Três Ilhas teve o lançamento de sua pedra fundamental no dia 20 de janeiro de 1878. Construída pelos escravos com enormes blocos de pedra, teve sua primeira missa realizada antes de concluída, a 9 de maio de 1886. Quando já estava próxima de sua conclusão, a abolição da escravatura a 13 de maio de 1888 interrompeu as obras, sendo usados tijolos no trecho final de sustentação do telhado.
        A igreja foi construída através de subscrição pública e seu maior benfeitor foi Gabriel Antonio de Barros, Barão de São José Del Rei.
        Todos os anos, no segundo fim de semana de julho, na festa do padroeiro, a igreja é palco de apresentações musicais com corais e orquestras durante alguns dias.
        A igreja compõe o conjunto de trinta e três imóveis da rua inteiramente tombada pelo patrimônio histórico de Minas Gerais.
        A vila de São José e a igreja de pedra ficam a 9 quilômetros, em boa estrada de terra, da localidade de Três Ilhas, que fica na estrada RJ-151, a 26 quilômetros da sede do Município de Rio das Flores.