A antiga estação ferroviária foi inaugurada em 1882.
        Em 1874 o Governo provincial fêz concessão para construção de uma linha de carris por tração animal, de Comércio (atual Sebastião de Lacerda, distrito de Vassouras) a Santa Teresa (hoje Rio das Flores). Em 1875 a concessão foi estendida até o rio das Flores, em Manuel Duarte.
        A construção da estrada de ferro teve início em setembro de 1876, com a estação inicial em Comércio.
        Em 1884 foi organizada uma sociedade anônima denominada Estrada de Ferro Rio das Flores, que adquiriu a antiga estrada com a finalidade de concluí-la e explorá-la.
        Em 1891 foi aberta concorrência para contratar a ligação entre a Estação de Manuel Duarte e a Estação Santa Rosa, terminal da Estrada de Ferro Carril Paraybuna.
        A Estrada de Ferro Rio das Flores fazia a ligação com a Linha do Centro da EFCB em Afonso Arinos.
        Esta estrada funcionou até 1910, quando foi adquirida pela Estrada de Ferro Central do Brasil.
        Em 1965 o ramal foi erradicado como antieconômico e seu leito é utilizado pelas rodovias RJ-145 e 151.
        Hoje, a antiga estação ferroviária serve ao turismo, estando ali instalados o Posto de Informações Turísticas do Município - Tel: (24) 2458-0475, o Centro de Artesanato Expresso das Artes, com exposição e venda de seus produtos, e a ARTUR-Associação Rioflorense de Turismo.